Əlincəqalanın tarixi haqqında orta əsr ərəb, fars, Azərbaycan, türk, gürcü və Qərbi Avropa qaynaqlarında çoxlu maraqlı məlumata təsadüf edilir. Lakin Əlincəqalanın salınma tarixi dəqiq müəyyənləşdirilməmişdir. Qalanın adı çəkilən ən qədim mənbələrdən biri hələlik bizə məlum olan “Kitabi-Dədə Qorqud” dastanıdır. Azərbaycan şifahi xalq ədəbiyyatının qiymətli abidələrindən olan “Kitabi-Dədə Qorqud” dastanının “Uşun qoca oğlu Səgrək boyu”nda Əlincəqala möhkəm və etibarlı bir istehkam kimi təsvir olunur. Bu dastana görə Əlincəqala Qara Tekur adlı bir şəxsə məxsusdur və o, qaladan zindan kimi istifadə edərək oğuzlardan aldığı əsirləri burada saxlamışdır. “Kitabi-Dədə Qorqud” Əlincəqalanın adı çəkilən bizə məlum ilk yazılı qaynaqdır. Həmin dastanın yaranma tarixi də maraqlıdır. Prof. Ə.Dəmirçizadə dastanda “XI əsrdən əvvəlki” dövrə aid hadisələrdən bəhs edildiyini yazır. Tədqiqatçı V.Jirmunski “Kitabi-Dədə Qorqud” haqda nəşr olunan əsərləri təhlil edərək, boyların IX-X əsrlərdə meydana çıxdığını göstərir. Bu boylardan bəzisi hətta V-VI əsrlərə gedib çıxır.
Bəzi tədqiqatçıların fikrincə, Əlincəqala eranın əvvəllərində tikilmiş, eramızın V əsrində bərpa edilmişdir.
X əsrdə yaşamış bəzi salnaməçilər müasiri olduğu hadisələrdən bəhs edərkən Əlincəqalanın yerli feodallara məxsus əsas sığınacaq yeri olduğunu göstərirlər. Onların yazdığından məlum olur ki, qalada hakim və zadəgan ailələri feodal hərbi toqquşmalar və müharibələr zamanı mühafizə olunurmuş.
XVII əsr türk səyyahı Övliya Çələbi Əlincəqaladan bəhs edərkən onun Qütbəddin tərəfindən tikildiyini göstərir. Ehtimal ki, müəllif burada rum – səlcuq hökmdarlarından Qütbəddin II Məlikşahı (1188-1192) nəzərdə tutmuşdur. Prof. M.Köprülü Əlincəqalanın Səlcuqlar dövrünə aid olduğunu qeyd edir. Bu fikirlə, eyni zamanda, “Azərbaycanın türkləşməsi tarixinə ümumi bir baxış” adlı məqalənin müəllifi Faruk Sumər də həmrəydir. Lakin müasir türk tədqiqatçılarından Fəxrəddin Kırzıoğlu “əsgi və sərt” bir istehkam olan Əlincəqalanın Əşkanilər dövründə Erancaq adı ilə məşhur olduğunu göstərir.
Bu baxımdan Azərbaycan tədqiqatçılarından arxeoloq və etnoqraf Ə.Ələkbərovun qaladakı hovuzların birində Əşkani, yaxud Sasani barelyefinin olduğu ehtimalını irəli sürməsi də maraqlıdır. Bu fakt sübut olunarsa, qalanın tarixi haqqında bəzi məsələlər üzə çıxa bilər.
Əlincəqalanın adı İran səlcuqlarının son sultanı Toğrul ilə əmirləri arasında baş vermiş iğtişaşlardan bəhs edilərkən çəkilir.
Ümumiyyətlə, mənbələrdəki faktların təhlili VII əsrdən əvvəl qalanın mövcud olması fikrinə heç bir şübhə yeri qoymur.